V rámci priority č. 2 se důkladně věnujeme také vědecko-výzkumným projektům vztahujícím se k Arcibiskupskému zámku a zahradám. Archivní výzkumy, stavebně-historické průzkumy či odborné expertizy mají za úkol prohloubit poznání o historii památky a podpořit kvalitní péči o ni. V roce 2009 se uskutečnil archeologický průzkum vybraných částí Květné zahrady s cílem ověřit pravdivost rytin z roku 1691. Výsledky výzkumu přinesly důležité informace pro plánování obnovy zahrady. Projekt Archeologická evaluace historických ikonografických pramenů Květné zahrady v Kroměříži byl podpořen částkou 189 000 Kč.
V rámci projektu Dílčí analytické hodnocení historického vývoje a současného stavu Podzámecké zahrady v Kroměříži byly v roce 2010 realizovány stavebně-historické průzkumy Maxmiliánovy kolonády, Zahradníkova domu, Ruin a mostu u Amerického domu v Podzámecké zahradě. Příspěvek ministerstva činil 94 000 Kč.
V roce 2011 se dostalo podpory projektu Perla v koruně – Komplexní průzkum a prezentace zahradního pavilonu (Rotundy) v Květné zahradě v Kroměříži, v jehož rámci bylo provedeno kompletní zaměření stavby a průzkum jeho střešních konstrukcí. Realizace byla dotavána částkou 195 000 Kč.
Na projekt navázala Čítanka starých časů – Co prozradí doposud nezkoumané části kroměřížského zámku, památky UNESCO? zaměřená na průzkum zámecké věže, nejstarší dochované části zámeckého areálu. Projekt realizovaný v roce 2012 získal příspěvek 90 000 Kč.
V roce 2013 byl realizován průzkum zámeckých sklepů a půdních prostor. Ve sklepech se podařilo rozpoznat rozsah středověkých zdiv z doby kolem roku 1500, začleněných do raně barokní novostavby zámku ze sklonku 17. století. Dokumentována byla i řada stavebních detailů, dokládajících složitější výstavbu komplexu sklepů. Jejich průzkum do značné míry přispěl k rozpoznání stavebního vývoje zámku i předbarokního hradu. Průzkum půdních prostor dokladoval zaniklé zastřešení zámku ze závěru 17. století. Tento projekt byl ze strany MK ČR podpořen částkou 110 000 Kč.
Etapa stavebně historického průzkumu zámku z roku 2014 byla zacílena na shromáždění všech dostupných informací o stavebním vývoji pozdně gotického hradu, renesančního i raně barokního zámku, získaných menšími průzkumovými akcemi v letech 2005-2014. Jedním z cílů průzkumu bylo i zmapování dosud nezkoumané technické infrastruktury raně barokního zámku – např. napojení užitkových prostor na horizontální i vertikální komunikace, hygienické zázemí stavby a komunikační schéma zámku. Příspěvek MK ČR činil 110 000 Kč.
Roku 2015 proběhly stavebně historické průzkumy pěti objektů bezprostředně souvisejících s objektem Arcibiskupského zámku – Mlýnské brány, tzv. Gardisky (spojovací chodby mezi zámkem a Mlýnskou bránou), Colloredovy kolonády, Sněmovního náměstí a vstupu do Podzámecké zahrady. Byla shromážděna ikonografie, archivní podklady, aktualizováno zaměření a realizován povrchový průzkum všech staveb. Výsledkem bylo podstatné upřesnění jejich stavebního vývoje a rozpoznání architektonických a památkových kvalit jednotlivých, dosud blíže nezkoumaných staveb. Projekt ministerstvo podpořilo opět částkou 100 000 Kč.
Plánovaný průzkum v etapě roku 2017 by měl být zaměřen jednak na další dominantní stavbu v kompozici zahrady - arkádovou galérii nazývanou Kolonáda, jednak na drobné stavební objekty užitkové povahy (obslužné domky, ohradní a dělicí zdi zahrady, hospodářské objekty).
Arkádová galerie hraje v kompozici Květné zahrady dominantní roli. Původně bývala vstupním objektem plnícím zároveň funkci galerie soch a pohledového akcentu. Dnes se přidružuje ještě funkce vyhlídkového místa. Z vyhlídkové lávky, zřízené na její střeše se nabízí pohled z výšky na větší část zahrady. Především ve střešní části prošla stavba složitým stavebním vývojem, který zatím nebyl podrobněji zkoumán, obdobně jako další stavební konstrukce.
Ministerstvo kultury poskytuje z programu Podpora pro památky UNESCO na realizaci projektu „Čítanka starých časů: Kamenné květy – stavebně historický průzkum vybraných objektů Květné zahrady v Kroměříži“, účelově vázané navýšení příspěvku na provoz ve výši 140 000 Kč.